On a déjà dit que les maladies provoquées par les virus sont le plus souvent, mais pas exclusivement, des effets collatéraux de leur multiplication dans l’hôte infecté. Ce n’est que lorsque la production virale nécessite les dommages provoqués aux cellules infectées  que la maladie est directement liée à l’infection. En général,  le degré des symptômes de la maladie  est proportionnel à l’étendue de la destruction, ou de la désorganisation, des tissus infectés, mais pas que….

Suite à l’ infection, l’organisme réagit pour éliminer le corps étranger que représente  le virus. Il le fait en deux temps. D’abord le système de détection du virus est activé au niveau des premières cellules infectées. Suite à la détection, un état antiviral est établi qui conduit, dans les 24 heures qui suivent, au suicide de la cellule infectée:  suicide qui doit être compris comme le moyen de détruire l’usine à virus que deviendrait sans cela cette cellule. Cette étape, appelée la réponse immune innée, est très efficace et arrête plus de 99% des infections. Elle est si efficace que l’évolution a doté les virus en moyens de l’annuler ou de la contourner, du moins le temps de leur multiplication. La réponse immune innée a comme autre fonction de préparer la réponse de défense suivante pour arrêter les virus qui ont franchi la première barrière de défense. Elle créée une inflammation dans le but d’attirer au site d’infection les acteurs de la réponse immune adaptative, qui prend une semaine à dix jours pour se mettre en place. Cette réponse se déploie en deux axes, la production d’anticorps qui vont neutraliser les virus et, plus important en regard du degré de sévérité de la maladie, la production de cellules spécialisées dans la destruction des cellules infectées, les lymphocytes T cytotoxiques.

Ces prémices posés, on peut revenir aux maladies. (1) Le virus peut avoir un effet direct sur la mort cellulaire. C’est le cas des virus  qui infectent l’épithélium du tractus respiratoire comme les virus de la grippe. La multiplication même du virus, rapide et extrêmement élevée, détruit cet épithélium provoquant les symptômes douloureux locaux, la toux, la congestion. Plus le virus pénètre profondément dans les voies respiratoires, plus l’étendue des lésions est importante et plus la maladie virale peut être grave, jusqu’à provoquer une pneumonie virale. Par ailleurs, les douleurs musculaires, articulaires, maux de tête sont la conséquence de l’activation de la réponse innée et de l’inflammation qui s’ensuit. L’inflammation peut s’emballer, être excessive et peut à elle seule mener à la destruction des tissus qu’elle est sensée protéger.  On parle ici de « tornade inflammatoire« .    (2) La destruction des cellules infectées peut dans ce cas résulter non de l’effet direct du virus, mais des réponses de défense qui se mettent en place. Sans que la réponse soit excessive, celle impliquant les lymphocytes T cytotoxiques peut ravager un tissu  dans lequel les cellules sont infectées par un virus qui de lui-même n’a pas d’effet destructeur. C’est le cas des infections du foie par les virus provoquant les hépatites dite B ou C. (3) Le mode de multiplication des virus de la famille des Papillomaviridae requiert un bouleversement  du tissu infecté, pour que la production de nouvelles particules virales puissent se faire. Ces virus infectent les couches profondes de la peau et sont produits en surface. Sauf que la couche supérieure de l’épiderme est formée de résidus de cellules, les kératocytes,  bourrées d’une protéine solide et rigide, la kératine,  qui ne constituent pas un environnment dans lequel les virus peuvent se multiplier. Le virus a ainsi évolué pour transformer le processus normal de la formation de la peau. Les cellules infectées ne vont plus devenir des kétatocytes, mais continuer à se multiplier grâce à l’activité de plusieurs protéines virales. Cette transformation du devenir des cellules aboutit à la formation de protubérances qui peuvent s’arrêter de grandir (verrues) ou, sous l’effet de certains de ces virus de la famille qui ont une  affinité pour les muqueuses génitales, représenter une zone ou les cellules transformées continuent à se multiplier et provoquent  un cancer. (4) Finalement, les virus peuvent provoquer des maladies parce que l’infection virale va favoriser la survenue d’infections par d’autres agent pathogènes. La destruction de l’épithélium respiratoire peut faire le lit de sur-infections par des bactéries, un facteur d’aggravation de la maladie. Le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) infecte spécifiquement et détruit des cellules impliquées dans la réponse immune. Le faisant il rend l’organisme incapable de lutter contre d’autres agents infectieux, dits opportunistes,  qui vont pouvoir développer des infections mortelles. De  façon similaire, le virus de la rougeole, bien contrôlé lui-même par les réponses de défense, va néanmoins produire pendant quelques semaines un déficit de défense, principal responsable de la morbidité et de la mortalité liée aux épidémies que ce virus provoque.

En conclusion, même si l’évolution de la relation entre le virus et son hôte tend plutôt vers une absence de conflit, dans la mesure où le virus dépend de la bonne fonctionnalité de son hôte pour sa multiplication, on comprend  que les virus peuvent causer des dommages à son hôte de diverses manières. Le plus surprenant dans le contexte est que la maladie peut être causée par le système de défense prévu pour arrêter l’infection.