L’origine des virus reste une question non résolue. Les virus étant des parasites cellulaires obligatoires, on pourrait penser que leur apparition date  d’après l’apparition des premières cellules. Cette hypothèse ne fait pourtant pas l’unanimité, notamment pour les virus à ARN. ….S’il s’avère que le monde à ARN a précédé le monde à ADN (ce qui n’est pas formellement établi), les virus à ARN pourraient descendre de résidus de ce monde, et par conséquent voir leur origine précéder le monde à ADN et donc les cellules primitives.  Pour les virus à ADN, on pourrait faire l’hypothèse qu’ils sont issus de morceaux de génome cellulaire, auquel cas on devrait trouver des morceaux d’un ancêtre commun entre ces virus et le génome des leurs hôtes. Ce qui n’est pas le cas. Les ancêtres des virus à ADN des cellules animales sont plutôt à chercher dans les virus à ADN de bactéries. On s’accorde ainsi pour penser qu’il n’y a pas un ancêtre commun à tous les virus.

Ce que l’on sait pour sûr, c’est que toutes les familles du règne vivant sont colonisés par les virus. A l’heure actuelle, on dénombre des virus dans toutes les espèces d’algues, de bactéries, de champignons, de protozoaires, d’invertébrés et de vertébrés. Ces virus ont évolué avec leurs hôtes et, de nos jours, la distinction ou l’identité des virus de petits rongeurs amazoniens est utilisée pour décider si ces rongeurs appartiennent à la même espèce. Il y a ainsi fort heureusement des virus strictement spécifiques de chaque espèce, des virus que l’on retrouve dans plusieurs espèces et des virus dont on connait la capacité a sauter la barrière des espèces. Le saut de la barrière d’espèce représente toujours un moment important d’incertitude et pour le virus (comment va-t-il s’adapter?), et, plus crucial s’il s’agit de l’espèce humaine, pour le nouvel hôte (avec quelles conséquences?).